일본 나라현에서 태어났다. 대학에서 국문학을 전공하고, 졸업한 뒤에는 출판사에 들어가 호러와 미스터리에 관련된 다양한 기획을 진행했다. 1994년 단편소설을 발표하면서 작가의 길을 걷기 시작했다. 2001년에는 첫 장편소설 《기관, 호러 작가가 사는 집》을 출간하며 미스터리 작가로서 널리 이름을 알렸다.
데뷔 초부터 미스터리와 호러의 절묘한 융합, 특히 본격추리 에 토속적인 괴담을 덧씌운 독자적인 작품세계를 구축하며 자신만의 독특한 작품들을 선보여왔다. 특유의 문체와 세계관, 개성적인 인물들, 미스터리로서의 높은 완성도가 평단과 독자 양쪽의 호평을 이끌어냈다.
2010년 《미즈치처럼 가라앉는 것》으로 제10회 본격 미스터리 대상을 수상했으며, 지금은 ‘미쓰다 월드’라 불리는 특유의 작품 세계가 열렬한 마니아층을 형성하는 등 명실상부 일본 본격 미스터리를 대표하는 작가로 자리 잡았다.
미쓰다 신조 본인이 등장하는 ‘작가 시리즈’를 비롯해 ‘사상학탐정 시리즈’, ‘도조 겐야 시리즈’, ‘집 시리즈’ 등 다수의 시리즈 작품을 발표했으며, 《노조키메》 《괴담의 집》 《흉가》 《화가》 《우중괴담》 《일곱 명의 술래잡기》 등 지금까지 출간한 소설만 수십 권에 이를 정도로 왕성한 활동을 펼치고 있다.